Annie Dubé est titulaire d’un baccalauréat en microbiologie de l’Université Laval (2002). Elle poursuit ensuite ses études au Centre de recherche en cancérologie de l’Hôtel-Dieu de Québec où elle obtient sa maîtrise (2004) et son doctorat (2007) en biologie moléculaire et cellulaire de l’Université Laval. Durant sa thèse, elle étudie les mécanismes impliqués dans l’activation de MTF 1 (Metal-regulatory transcription factor 1) en réponse à l’hypoxie.

Dès la fin de ses études en 2007, madame Dubé assure la fonction de professionnelle de recherche au Centre de recherche de l’Institut Universitaire de cardiologie et de pneumologie de Québec (IUCPQ) où elle développe de nouveaux projets de recherche en pneumologie et agit à titre de personne ressource auprès des étudiants gradués, du personnel de laboratoire, des médecins et autres professionnels. Depuis 2010, en plus de ses fonctions de professionnelle de recherche, elle coordonne également un programme d’enseignement de 2e cycle en recherche sur les maladies inflammatoires des voies respiratoires et du poumon dispensé par l’Université Laval.

C’est en mars 2017 que madame Dubé s’est jointe à l’INESSS, à titre de professionnelle scientifique en santé, au sein de l’équipe de la biologie médicale sous la Direction de l'évaluation des médicaments et des technologies à des fins de remboursement.