Emilie Boutet est titulaire d’un baccalauréat en biologie de l’Université McGill (2016). Elle a ensuite effectué des études graduées en biologie moléculaire à l’Institut national de la recherche scientifique (INRS) où elle a obtenu le diplôme de doctorat à la suite d’un passage accéléré (2023).

Dans le cadre de ses études doctorales sous le thème de la biologie moléculaire, Emilie a obtenu plusieurs prix et distinctions incluant des bourses des Fonds de Recherche du Québec Natures et Technologies (FRQNT) et du Conseil de Recherches en Sciences naturelles et en Génie du Canada (CRSNG). Ses travaux portaient entre autres sur le développement d’outils de régulation génétique chez une bactérie au potentiel biotechnologique. Lors de ses études graduées, Emilie a développé une grande passion pour les activités de transfert de connaissances auprès du grand public en collaborant entre autres à la création d’un journal étudiant de vulgarisation.

C’est en 2023 qu’Emilie devient professionnelle scientifique en santé à l’INESSS, au sein de la direction de l'évaluation des médicaments et des technologies à des fins de remboursement.