Marilyn Fortin est titulaire d’un baccalauréat en anthropologie biologique de l’Université Laval et Montréal (2005), d’un diplôme de deuxième cycle en méthodologie d’analyse de recherche qualitative et quantitative de l’Université de Montréal (2006), d’une maîtrise (2007) et d’un doctorat (2013) en sociologie de la santé de l’Université de Montréal. En 2016, elle a complété un post-doctorat au département de psychologie de l’Université Laval, et poursuivi sa formation postdoctorale au département de psychiatrie de l’Université McGill (2016-2018).

Dans le cadre de ses études doctorales et postdoctorales, Marilyn Fortin a obtenu deux bourses de l’Institut de recherche en santé du Canada (IRSC) et d’une bourse du Fond de recherche en santé du Québec (FRSQ). Elle a travaillé à l’Institut de recherche en santé des populations de l’Université de Montréal, au Centre de recherche du CHU de Québec de l’axe Santé des populations et pratiques optimales en santé, et au centre de recherche Douglas. Ses travaux portaient sur les déterminants de l’usage d’alcool et autres substances au Canada, et sur l’utilisation et l’évaluation des services de santé pour les patients avec troubles mentaux et de substances.

En 2018, madame Fortin devient professionnelle scientifique en santé à l’INESSS, au sein de la Direction des services de santé et de l’évaluation des technologies et en 2022 à la Direction de l'évaluation et du soutien à l'amélioration des modes d'intervention - services sociaux et santé mentale pour ensuite être nommée coordonnatrice scientifique au sein de cette même direction.