Stéphanie Hallée est titulaire d’un baccalauréat en biochimie de l’Université Laval (2011) ainsi que d’une maîtrise en microbiologie-immunologie (Université Laval, 2013). En 2018, elle a complété un doctorat en microbiologie-immunologie.  

Dans le cadre de ses études doctorales complétées au Centre de recherche en Infectiologie du CHU de Québec, elle a étudié le transport intra-cellulaire de protéines chez le parasite responsable de la malaria, Plasmodium falciparum.  Par la suite, elle a occupé les postes de spécialiste de recherche (2020), puis de chargée de projet (2022) au sein de la compagnie de biotechnologie Feldan Therapeutics.

C’est en 2022 que madame Hallée devient professionnelle scientifique en santé à l’INESSS, au sein de l'Unité de l’usage optimal du médicament et des modes d'intervention - protocoles médicaux nationaux et ordonnances associées de la Direction de l'évaluation et de la pertinence des modes d'intervention en santé.