Marie Hotte est diplômée en pharmacie de l’Université Laval (1984). Elle détient également un diplôme en pharmacie d’hôpital (1985) et une maîtrise en pharmacie d’hôpital (1993) de la Faculté de pharmacie de l’Université Laval.

Elle a pratiqué durant près de quinze ans en pharmacie d’établissement, notamment au CHU de Québec, au sein de divers secteurs cliniques, avec un intérêt marqué ainsi qu’une expertise en diabétologie, en anticoagulothérapie et en antibiothérapie intraveineuse à domicile. Pendant cette période, Mme Hotte a été professeure de clinique agrégée et chargée de cours à la Faculté de pharmacie de l’Université Laval.

C’est en 2002 qu’elle s’est jointe à l’équipe du Conseil consultatif de pharmacologie, qui devint le Conseil du médicament et ensuite l’INESSS. Elle y travaille au sein de la Direction de l’évaluation des médicaments et des technologies  des fins de remboursement, d’abord comme conseillère scientifique pour le volet clinique des évaluations des demandes d’inscription des médicaments. Depuis 2010, elle assume des fonctions stratégiques au sein de cette direction et soutient l’équipe dans la réalisation des travaux, à titre de coordonnatrice scientifique.