Après avoir été diplômé en 2004 à l’Université Laval au baccalauréat en microbiologie, il a travaillé comme microbiologiste à cette même université. Dès 2007, il accepte un poste de microbiologiste à l’Hôpital de Val-d’Or (CSSS de la Vallée de l'Or) dans le cadre duquel il supervise l'organisation scientifique du laboratoire de microbiologie. Il a entre autres la responsabilité d’agir à titre de personne ressource auprès du personnel du laboratoire, auprès des médecins et des autres professionnels et d’assurer la qualité, la conformité et la sécurité au laboratoire.

En 2014, Frédéric Breton s’est joint à la Direction de l'évaluation des médicaments et des technologies à des fins de remboursement de l’INESSS à titre de professionnel scientifique, notamment pour l’évaluation des analyses de biologie médicale.